Miao's blog

如何在服务器上凑一个 JupyterLab

在个人服务器上安装一个 Jupyer Lab 可能可以更折腾方便的学习和使用 Python 和 R。

此次安装环境为 Debian 10 (buster), 64-bit PC。

https://jupyter.org/assets/homepage/hublogo.svg

Step 1 下载 conda 安装包并安装

conda 是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言和任何类型的软件。 Anaconda 则是一个打包的集合，里面预装好了 conda、某个版本的 python、众多 packages、科学计算工具等等。 Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容 ——python 与 conda，以及相关的必须依赖项。对于空间要求严格的用户，Miniconda 是一种选择。

apt update && apt upgrade -y
# 视具体情况确定下载链接
wget <https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh>
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

初始化当前的 bash，使 conda 的系统变量生效：

source .bashrc

Step 2 安装 Jupyter Notebook

如果上一步安装的是 Anaconda，则 Jupyter Lab 已经预装至系统中了。如果上一步安装的是 Miniconda，则需要通过 conda 安装 Jupyter Lab：

conda install jupyterlab

Step 3 Jupyter Notebook 的配置和运行

生成 Jupyter Lab 配置文件，配置文件默认路径为 /root/.jupyter/jupyter_lab_config.py：

jupyter lab --allow-root --generate-config

为 Jupyter Lab 生成密码，密码文件默认路径为 /root/.jupyter/jupyter_lab_config.py，复制密码文件中的哈希格式密码备用：

jupyter lab password

编辑配置文件，修改如下项：

c.ServerApp.allow_password_change = True ## 允许后期修改密码
c.ServerApp.allow_remote_access = True ## 允许远程访问
c.ServerApp.allow_root = False ## 允许以 root 权限运行
c.ServerApp.ip = '0.0.0.0' ## 访问 ip
c.ServerApp.root_dir = '/root' ## Jupyter Lab 根目录
c.LabServerApp.open_browser = False
c.ServerApp.password = 'xxxx' ## 哈希值格式密码
c.ServerApp.port = 8888 ## Jupyter Lab 端口

此时即可运行 Jupyter Lab：

jupyter lab

默认界面是英文。可以安装简体中文语言包：

conda install jupyterlab-language-pack-zh-CN

Step 4 设置系统服务（随系统启动）

完成 Step 3 之后 Jupyter Lab 已经可以正常运行，通过浏览器访问 http://yout_server_ip:port 即可访问。但此时如果关闭 SSH 连接 Jupyter Notebook 进程也会被杀掉。可以通过将 Jupyter Lab 注册为系统服务而达到后台运行和随系统启动的目的。

在 /etc/systemd/system/ 目录下创建 jupyter.service 文件：

[Unit]
Description=Jupyter Lab

[Service]
Type=simple
PIDFile=/run/jupyter.pid
ExecStart=/root/miniconda3/bin/jupyter-lab --config=/root/.jupyter/jupyter_lab_config.py
User=root
Group=root
WorkingDirectory=/root/jupyter_lab
Restart=always
RestartSec=10
#KillMode=mixed

[Install]
WantedBy=multi-user.target

即可设置 Jupyter Lab 随系统运行：

systemctl enable jupyter
systemctl restart jupyter

Step 5 设置 R 环境

Miniconda 默认的是 Python 环境。但我等医学狗当然是离不开 R 环境的，所以还需要在 Jupyter Lab 中安装 R 环境并且和 Jupyter Lab 集成。

启用 conda-forge 源：

conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

安装 R-base：

conda install -c conda-forge r-base=4.1.3  # 指定所需版本
which R

安装 IRkernel 模块并激活。

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

额外配置：域名访问

记忆 IP 终究不太容易也不方便，可以考虑使用反向代理来通过域名访问远端的 Jupyuter Lab。

可以使用 Nginx 作为反代服务器，注意配置文件：

upstream notebook {
    server ip:port;
}

server {
    listen 443 ssl http2;
    listen [::]:443 ssl http2;
    server_name your_domain;

    ssl_certificate /etc/nginx/cert/your.crt;
    ssl_certificate_key /etc/nginx/cert/your.key;

    ssl_session_timeout 1d;
    ssl_session_cache shared:MozSSL:10m;
    ssl_session_tickets off;

    ssl_protocols TLSv1.3;
    ssl_prefer_server_ciphers on;

    add_header X-Frame-Options DENY;
    add_header X-Content-Type-Options nosniff;
    add_header X-Xss-Protection 1;

    add_header Strict-Transport-Security "max-age=63072000" always;

    ssl_stapling on;
    ssl_stapling_verify on;

    location / {
        proxy_pass            <http://notebook>;
        proxy_set_header      Host $host;
        proxy_http_version    1.1;
        proxy_set_header      Connection upgrade;
        proxy_set_header      Accept-Encoding gzip;
    }
    location ~ /api/kernels/ {
        proxy_pass            <http://notebook>;
        proxy_set_header      Host $host;
        # websocket support
        proxy_http_version    1.1;
        proxy_set_header      Upgrade "websocket";
        proxy_set_header      Connection "Upgrade";
        proxy_read_timeout    86400;
    }
    location ~ /terminals/ {
        proxy_pass            <http://notebook>;
        proxy_set_header      Host $host;
        # websocket support
        proxy_http_version    1.1;
        proxy_set_header      Upgrade "websocket";
        proxy_set_header      Connection "Upgrade";
        proxy_read_timeout    86400;
    }

}

完工。 🎉